Музей  создан в 1999 году и изначально был посвящен первому каменному храму в Мышкине - Никольскому собору (1764 г.).

Постепенно в фондах музея собралось достаточно много материалов (документов и предметов), связанных с жизнью священнослужителей и их семей середины XIX - начала XX веков. Поэтому музей стал называться «Музей семейных коллекций» или «Православный Мышкин».